邪神加坦杰与蒂迦奥特曼决战后，人类世界迎来了两年的和平。这一天，入间船长和GUTS考古队来到了南太平洋的卢埃古遗址。他们再次发现了被摧毁的超级古城，以及希特勒、达勒姆和女领袖卡梅拉的三体邪恶石像。入间强烈反对搬迁到远古遗迹，但丝毫没有改变上级的决定。最终，三大邪神复活，人类再次陷入危机。与此同时，严大谷遇见了柳濑丽奈，即将步入婚礼的殿堂。然而邪神却指挥着它的爪牙向人间发起了进攻。失去了奥特曼力量的达古面对眼前的危机却束手无策。