继上一次激烈的怪兽大战之后，金刚和哥斯拉再次联手对抗潜伏在世界上的巨大威胁，逐步探索这些巨兽的起源以及骷髅岛等谜团。与此同时，远古战争的面纱也被揭开。正是那场战斗，造就了这些优秀的生灵，也深刻影响了人类世界的命运。