四个像兄弟姐妹一样相亲相爱的乌龟男孩一直生活在人类城市的秘密污水管道里，他们想成为这座城市的英雄并被接受。在人类朋友阿普丽尔的帮助下，四只忍者神龟开始追查一个神秘的犯罪集团，但一支强大的突变生物大军却到来了。