白莲教徒奉满清大臣纳兰元淑(甄子丹)之命对付革命党人后，打着“助清灭洋”的口号，在广州街头大肆破坏洋人使馆、教堂等场所，连小学生都幸免。他们的行为让黄飞鸿(李连杰)、十三姨(关之琳)和梁宽(莫少聪)非常生气。在一次医学会议上，和革命领袖(张)后来，他直奔白莲教神坛，以九宫真人的胜利，揭开了迷信的假象，并且，因为用尽了国运和民智，不惜与纳兰元决一死战。