潘达大战危机成功解除后，海港城告别了短暂的沉寂，再次陷入令人震惊的危机。全城爆发连环爆炸，携带大规模杀伤性武器EMP炸弹钥匙的主席在高速公路上被神秘劫持。东科明星大侦探吴反击失败，被改装直升机扫射陷入险境。当他坠下高架桥时，城东分局的警官及时出现，将吴救了出来。海港城危机不断，跨海大桥被炸毁，通往岛上的唯一道路被切断。与此同时，一盘神秘的录像带被送到了政府部门，包括徐大富在内的多名通缉犯在镜头中誓死发誓：为了建设一个全新的海港城，一切牺牲都值得庆祝。对此，政府宣布：“这是一个安全紧急情况，优先级为5。”就在整个领地都在为神秘恶势力做准备的时候，大爆炸席卷了整个城市，造成了电力中断。整个城市陷入一片黑暗，就连南支也被炸成了一片废墟。危急时刻，吴英雄和组成新搭档，与被绑成人体炸弹、驾车高速直入隧道的徐大福(黄波饰)相遇。三人狼狈之时，突然遭到从隧道入口冲下来的无人机和雇佣兵的袭击。九死一生后，吴和得知徐大夫怀孕的妻子被恐怖分子挟持，并利用她的身体作为生物武器“伊鲁坎吉”实验场。在这三个人的背后，更可怕的阴谋笼罩着这座海港城，神秘的暗杀组织——蓝魔人发动了旨在24小时内屠杀这座城市的“夏枯草计划”。海港城倾覆之际，“真英雄”团和徐大福的“正义三人组”挺身而出，邪恶、光明、黑暗的终极对决又要来了.